VALIDASI PROTOKOL SKRINING VIRTUAL DAN ANALISIS INTERAKSI INHIBITOR ANTIPROLIFERASI SEL KANKER BERBASIS BAHAN ALAM TERHADAP RESEPTOR CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 (CDK 4)

Abstract

Salah satu target untuk menghambat penyebaran penyakit kanker adalah dengan menghambat proses proliferasi sel kanker yaitu dengan menghambat pengatur aktivitas siklus sel kanker  Cyclin dependent kinase 4 (CDK4).  Hingga saat ini, struktur kristal CDK4 belum tersedia. Struktur CDK4 yang mirip CDK2  belum tervalidasi terhadap inhibitor ligan native inhibitor reseptor CDK4, sehingga virtual skrining untuk menemukan senyawa bahan alam  untuk menghambat proliferasi sel kanker masih belum valid dalam pemakaian struktur kristal CDK4 dan sulit dilakukan pengembangan inhibitor CDK4. Penelitian ini bertujuan untuk memvalidasi metode protokol skrining terhadap struktur CDK4 mirip CDK2 agar dapat digunakan sebagai struktur kristal dalam pengembangan inhibitor CDK4 dan melakukan virtual skrining senyawa bahan alam yang berpotensi sebagai inhibitor CDK4 sebagai antiproliferasi sel kanker. Metode yang digunakan untuk validasi protokol skrining virtual dengan cara redocking. Struktur kristal CDK4 mirip enzim CDK2 dengan kode PDB ID 1GII, 1GIH, dan 1GIJ akan diredocking dan pengamatan validasi berdasarkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) < 2, sehingga protokol skrining yang di kembangkan ini diterima dan dapat dikembangkan untuk penelitian lebih lanjut untuk skrining virtual dalam usaha penemuan senyawa baru inhibitor antiproliferasi CDK4. Setelah itu dilakukan virtual skrining dan analisis interaksi antara 16 senyawa bahan alam dengan reseptor hasil validasi. Hasil validasi metode protokol skrining terhadap struktur CDK4 mirip CDK2 secara internal yang  diterima yaitu reseptor 1GIH dengan ligand native 1PU dan RMSD 0,8072. Virtual skrining dan analisis dari 16 senyawa bahan alam yang memiliki skor CHEMPLP terendah yaitu Naringin dengan skor CHEMPLP sebesar -94,1781 Kkal/mol yang jauh lebih baik dibandingkan senyawa pembanding flavopiridol namun masih lebih baik senyawa pembanding abemaciclib, ribociclib dan palbociclib. Interaksi ligand-reseptor pada naringin lebih didominasi oleh ikatan Hidrogen dibandingkan dengan senyawa pembanding abemaciclib, ribociclib dan palbociclib yang didominasi oleh interaksi hidrofobik, sehingga Naringin berpotensi sebagai inhibitor CDK4 sebagai antiproliferasi sel kanker.